MEGA进化树(分子进化遗传分析助手)是一款十分优秀好用的分子进化遗传分析辅助工具。小编带来的这款MEGA进化树功能强大全面,操作简单方便,使用后可以帮助用户更轻松快捷的进行分子进化遗传分析操作,非常高效实用,给用户提供很多使用便利。软件功能齐全,界面简单直观,新版本带来了更多的功能和改善,增加了了向导式系统,用于识别树中的基因复制事件,并且重新考虑树资源管理器,以便可以显示多达100k类群的树。欢迎有需要的朋友来下载使用。
使用教程:
1、首先根据提示安装好软件之后,准备需要建树的序列,并将序列保存为fasta格式。
2、打开MEGA7,点击Align--Edit/built Alignment,选择Create a new alignment,点击ok。
3、打开刚刚保存下来的fasta序列。
4、点击Alignment –Align by ClustalW ,选择所有序列,出现下图,参数根据需求修改,在这我们就直接选择默认,点击ok。
5、比对完成后,点击Data –Phylogenetic Analysis,出现下图坐标箭头指向的两个按钮。
6、点击Phylogeny,有5个构建进化树的方法,一般选择MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(邻接法)和Minimum-Evolution(最小进化法)方法,在此选择选择Neighbor-Joining(邻接法)建树。
7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果,根据自己的需求对树进行修饰。
功能特点:
1、【序列分析】
系统发育推论
型号选择
约会和时钟
祖传国家
选择和测试
序列比对
2、【统计方法】
最大似然
距离方法
普通最小二乘
最大的简约
复合似然
贝叶斯
3、【强大的视觉工具】
对齐/跟踪编辑器
树探索者
数据探索者
传奇发电机
基因复制向导
时间树向导
软件截图: